После финальных сцен второй части Эдди Брок и Веном оказываются в самом центре опасной игры. Земные спецслужбы объявляют их угрозой, а Зона 51 начинает масштабную операцию по захвату симбиота. Учёная Пейн и полковник Стрикленд рассматривают Венома как потенциальное оружие, и они не остановятся, пока не изолируют его.
Но помимо человеческой угрозы на горизонте возникает нечто большее — Налл, древнее существо из космоса, отправляет на Землю армию ксенофагов. Их цель — вернуть Венома, ведь в нём спрятан Кодекс — ключ к освобождению своего создателя. Ни Эдди, ни Веном не должны погибнуть — иначе исчезнет всё. Герои вынуждены скрываться от врагов и решать, как сохранить себя, не дав разрушить мир, который они когда-то пытались покинуть.